ワイルドハントとのイクサが終わったと思いきや、ザイバツとアマクダリがニンジャスレイヤーを強襲。ジリープアーに陥るかに思えたその時、ネズミハヤイD3が現れてニンジャスレイヤーを救い出した。そして窮地を脱したニンジャスレイヤーは師の孫娘、ドラゴン・ユカノを預けたネオカブキチョの一角にあるバー「絵馴染」にいた。そこへユカノをさらうためザイバツのニンジャ、メンタリストが現れる。ユカノを護るべく戦うニンジャスレイヤーとヤモト・コキだったが、メンタリストのゲン・ジツに翻弄され、ユカノは連れ去られてしまった。その直後ニンジャスレイヤーに謎の電話が入る。電話の主よりネオサイタマにいる双子のザイバツ・ニンジャの弟、アンバサダーを捜せとニンジャスレイヤーは指示を受けるのだった。ところ変わってキョートでは、探偵でありニンジャとなったタカギ・ガンドーが双子ニンジャの兄、ディプロマットの元を訪れていた。ニンジャスレイヤー、ガンドー、双子のディプロマットとアンバサダー、ネオサイタマとキョートで四忍とザイバツが激突する!!