毎日、家に帰ると修行と称して祖父に襲いかかられる。そんなイカれた日常から脱したいと願う由緒正しき忍者の末裔・静 鵬一郎、高校1年生。平和な現代に、忍者は不要。いつものように忍者の後継から逃れるため、華の高校生活を犠牲にして一心不乱に勉学に邁進していたある日、鵬一郎を「運命の人」と訪ねてきた少女・御子神 今日花との出会いが彼の平和な日常を一変させる。忍者×陰陽師バディによる京都事件解決アクション開幕！！平和主義の忍者 vs. 無敵の忍者。百鬼夜行の「もののけ」といざ、決戦!!!今日花の涙に、修行と再び向き合う決意をした鵬一郎。忍者と陰陽師、最強バディの仲は更に深化！ しかし今日花にはまだ隠していることがあるようで…？一方、京都の地で内乱を企てる敵組織は立ち向かう鵬一郎たちを直接攻撃！果たして黒幕の真の狙いとはーー？未来へつなぐ京都事件解決アクション、堂々完結!!!